ООО «Газпром трансгаз Краснодар» образовано 16 марта 2007 года в результате реорганизации ООО «Кубаньгазпром». Является правопреемником ООО «Кубаньгазпром» в области транспортировки газа и основных направлений социальной политики. С 1 января 2008 года к компании были присоединены производственные объекты ООО «Газпром трансгаз Москва» в Ростовской области — Ростовское ЛПУМГ и Таганрогское ЛПУМГ.