Родился 1 января 1950 года в селе Орудьево Дмитровского района Московской области в семье военнослужащего.
В 1973 году окончил Московский авиационный институт по специальности «инженер-механик по самолетостроению», после чего был направлен на работу в ОКБ им П.О. Сухого.
С 1973 по 1992 гг. – работа в ОКБ им. П.О. Сухого. Организаторский талант, глубокие инженерные знания и преданность любимому делу позволили Николаю Федоровичу за этот период пройти путь от инженера до главного конструктора ОКБ. При его непосредственном участии был создан самый знаменитый в XX веке и самый коммерчески успешный из самолетов «Су» – многоцелевой истребитель Су-27, на котором последние 25 лет держится российская боевая авиация. Это тот проект, которому Николай Никитин отдал большую часть жизни, стартовав в нем в должности помощника ведущего инженера по летным испытаниям первого летного образца Су-27 и, в конечном итоге, став главным конструктором Су-27М, а также разработанных на его базе истребителей Су-35 и Су-37МР.
С 1992 по 1997 гг. – заместитель генерального конструктора АНПК «ОКБ Сухого», ОАО «ОКБ Сухого».
С 1997 по 1999 гг. - первый заместитель генерального директора АВПК «Сухой» и член совета директоров «ОКБ Сухого», входящего в состав АВПК «Сухой».
С февраля 1999 г. постановлением правительства РФ назначен генеральным директором – генеральным конструктором ВПК «МАПО», которое в декабре 1999 г. после структурной реорганизации переименовано в РСК «МиГ».Метавселенная ВДНХ
Почти за 5 лет работы (до ноября 2003 г.) Николаю Никитину удалось из разрозненных юридических лиц – серийного завода и КБ – создать вертикально интегрированную корпорацию, способную производить весь цикл работ, от разработки боевой авиационной техники до ее производства, поставок и послепродажного обслуживания. Возобновились поставки истребителей на экспорт, и уже в 2002 году РСК «МиГ» стала вторым после «Рособоронэкспорта» субъектом ВТС по объемам поставок вооружений за рубеж.
В период работы Никитина РСК «МиГ» первой из военных корпораций начала реализовывать стратегию диверсификации производства, вложив деньги от экспорта боевых МиГов в гражданский проект Ту-334.
В 2004 году – генеральный директор компании «Автотор-Холдинг». Основной актив компании – калининградские автосборочные заводы, выпускающие автомобили BMW, Kia и другие.
С 2005 по 2007 гг. – главный консультант ООО «НКБ «Финтехпроект» (г. Москва).
В 2007 г. – управляющий директор Департамента нефинансовых активов ОАО «Банк ВТБ».
С 2007 по 2008 гг. – первый заместитель генерального директора ЗАО «УК «ПМК» (Пермский моторостроительный комплекс).
С октября 2008 года – исполнительный директор ОАО «СНТК им. Н.Д. Кузнецова».
С февраля 2009 года исполнительный директор всех трех предприятия самарского куста ОАО «УК «ОДК»: ОАО «Моторостроитель» (с апреля 2010 года - ОАО «Кузнецов»), ОАО «СНТК им. Н.Д. Кузнецова» и ОАО «Самарское конструкторское бюро машиностроения». Член советов директоров ОАО «СНТК им. Н.Д. Кузнецова» и ОАО «Самарское конструкторское бюро машиностроения».
Никитин Н.Ф. является лауреатом Государственной премии СССР в области науки и техники за создание авиационного комплекса Су-27, лауреатом премии «Золотая идея» в номинации «За личный вклад, инициативу и усердие в решении задач военно-технического сотрудничества».
Заслуженный конструктор Российской Федерации, кандидат экономических наук, профессор, заведующий кафедрой в Московском авиационном институте.