Впервые Кубанский государственный университет был открыт в Краснодаре 5 (19) сентября 1920 года. Его первым избранным ректором стал бывший генерал царской армии, крупный ученый-историк, специалист по древнерусской палеографии Никандр Александрович Маркс.
В том же сентябре 1920 года был создан и Институт народного образования. Голод и финансовый кризис в Советской России привели к упразднению многих вузов, в том числе и Кубанского госуниверситета. Студенты и преподаватели университета перешли в единственный сохраненный вуз – Институт народного образования, который был переименован в Кубанский высший педагогический институт.
Кубанский государственный университет в 2000-х – крупный образовательный и научный комплекс. В 2002 году Кубанский госуниверситет награжден Российско-Швейцарским бизнес-клубом золотой медалью за безупречную деловую репутацию, а в 2004 и 2005 годах вошел в сотню лучших вузов России и отмечен золотой медалью «Европейское качество».