История «Магистраль – Карт» начинается в 1999 года, когда в «Магистраль - Топливная Компания» (группа компаний «Магистраль») был создан отдел электронных технологий специально для развития программ обслуживания клиентов посредством топливных пластиковых карт.
К этому моменту уже год как развивалось активное сотрудничество группы компаний «Магистраль» и ОАО «ТНК» по реализации программы розничных продаж автомобильных бензинов и дизельного топлива. Поэтому основу сети обслуживания топливных карт «Магистраль» составили автозаправочные станции ТНК и партнеров.
В 2002 году, с началом работы ООО «Магистраль – Украина» был дан старт развитию программ сотрудничества и построения сетей в России и за рубежом.
В 2003 - построение региональной сети АЗС в России и Белоруссии.
В 2005 - внедрение проекта по гибридным картам Магистраль – ЭССО (центральная и западная Европа).
В 2007 - основание дочерней компании ООО «Магистраль – Польша», а также открытие филиала «Магистраль – Карт Санкт-Петербург».
В 2008 году «Магистраль – Карт» вошла в состав группы компаний ТНК-ВР в результате завершения сделки по приобретению ТНК-BP группы компаний «Магистраль».