Основные направления научной деятельности института, утвержденные в 2008 году:
- Теория систем и общая теория управления;
- Методы управления сложными техническими и человеко-машинными системами;
- Теория управления в междисциплинарных моделях организационных, социальных, экономических, медико-биологических и экологических систем;
- Научные основы технологий управления подвижными объектами и навигации;
- Теория и методы разработки программно-аппаратных и технических средств управления и сложных информационно-управляющих систем;
- Научные основы интегрированных систем управления и автоматизации технологических процессов и управление производством.